RDP是另一個核糖體RNA數(shù)據(jù)庫

RDP（The Ribosomal Database）數(shù)據(jù)庫收錄和提供核糖體RNA相關(guān)的數(shù)據(jù)信息（細菌和古菌16S rRNA序列和真菌28S rRNA序列），同時提供一系列在線序列分析工具，包括擴增子分析、rRNA進化樹分析、rRNA序列的比對和注釋分析等。

RDP數(shù)據(jù)庫最新更新版本為RDP Release 11.5，于2016年9月30日更新，包括3,356,809條細菌和古菌16S rRNA序列注釋信息，125,525條真菌28S rRNA序列注釋信息。

RDP主頁：http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp

數(shù)據(jù)查詢及獲取

1） RDP主頁Hierarchy Browser板塊可以瀏覽到物種序列的收錄情況，同時還可以根據(jù)需要下載相應(yīng)的數(shù)據(jù)（右上角download）：

2）RDP主頁Resource板塊Release Alignment可以查詢到數(shù)據(jù)下載包：

RDP數(shù)據(jù)庫特色功能

RDP提供豐富多樣性的線上分析工具

每一個版塊設(shè)有詳細的幫助文檔（help）以及演示視頻（vedio tutorial），感興趣的小伙伴可以通過閱讀幫助文檔或觀看演示視頻完成操作。下面對幾個功能做簡單介紹。

1 Classifier：序列注釋分析

  Classifier可以完成對輸入序列的注釋和數(shù)據(jù)中所含某物種序列條數(shù)的計算。以下為該功能的官網(wǎng)介紹鏈接。   

  http://rdp.cme.msu.edu/help/CLflash/ClassifierFlashCC.html

2 Library Compare

  該功能可以實現(xiàn)兩個擴增子序列數(shù)據(jù)樣本的注釋和差異比較，給出兩個樣品數(shù)據(jù)在同一物種水平注釋到的序列數(shù)并進行統(tǒng)計學(xué)分析。

3 Fungene

RDP的FunGene版塊不僅整合環(huán)境功能基因序列數(shù)據(jù)庫，收集了包含Antibiotic resistances，Plant Pathogenicity，Biogeochemical cycles，Phylogenetic markers，ARGs-Resfams，Biodegradation，Metal Cycling等在內(nèi)的功能基因序列信息，也為研究者提供了可實現(xiàn)在線比對分析的“FunGene Pipeline”流程。

4 Rdpipline

該版塊包含了各種擴增子高通量測序數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)處理和分析工具，少量數(shù)據(jù)集可以注冊賬號后在線提交數(shù)據(jù)進行分析。

除以上功能之外，我們可以在RDP網(wǎng)站獲得自己的myRDP賬戶，進行數(shù)據(jù)上傳、管理和分析，可以通過ProbeMatch分析引物的覆蓋度，通過Tree Builder進行進化樹構(gòu)建等。

RDP數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)收錄數(shù)據(jù)沒有Silva那么全面，主要包含16S rRNA、28SrRNA序列信息，同時還整合了ITS和功能基因等序列，在2016年后暫無更新。其序列整合方式較優(yōu)，數(shù)據(jù)瀏覽提供了模式種、序列長度、序列質(zhì)量等可選項，提高了數(shù)據(jù)準確性，方便使用者的查找和下載。

RDP提供了多種方便的在線分析工具以及優(yōu)質(zhì)的擴增子分析流程等開放資源，可作為環(huán)境微生物測序分析輔助工具。