對于擴增子高通量測序數(shù)據(jù)的分析，數(shù)據(jù)庫的選擇和使用直接影響結(jié)果信息的準確性和展示。了解常用數(shù)據(jù)庫的基本信息和特征對數(shù)據(jù)庫的選擇具有重要指導(dǎo)意義。

這里我們一起認識核糖體RNA數(shù)據(jù)庫——Silva。

    Silva主頁：https://www.arb-silva.de/

核糖體RNA序列包含大量物種進化信息，是微生物的“身份證”，可用于物種的分子識別、進化關(guān)系分析等。Silva在線綜合資源數(shù)據(jù)庫收錄、檢查并定期更新細菌（Bacteria）、古菌（Archaea）和真核微生物（Eukarya）三域（Domain） 的SSU和LSU序列，同時提供在線序列比對、物種識別、進化樹構(gòu)建（Silva Alignment， Classification and Tree service， ACT）及擴增子測序數(shù)據(jù)的分析（Silvangs）等功能。

      細菌和古菌16S rRNA數(shù)據(jù)庫

      真核18S rRNA數(shù)據(jù)庫

       數(shù)據(jù)查詢及獲取

1）Silva 主頁Browser板塊可以瀏覽到自己感興趣的物種序列的收錄情況：

2）Silva主頁Download板塊Archive可以查詢到數(shù)據(jù)下載包：

3）Silva主頁Documentation板塊可以了解收錄數(shù)據(jù)的整體情況，包括收錄序列的統(tǒng)計、序列質(zhì)控方法、序列來源等的說明。

Silva數(shù)據(jù)庫功能

   1.單個樣品序列的在線比對和分析：ACT（Alignment， Classification and Tree service）

  2.下載數(shù)據(jù)包至本地進行進化樹分析或安裝至擴增子分析流程：Download/Archive

  3.基于其數(shù)據(jù)庫資源提供引物和探針的設(shè)計和在線分析: Search/TestPrime；FISH & Probes

  4.高通量測序數(shù)據(jù)的分析：SILVAngs

宏眾百德可根據(jù)您的需求采用適宜數(shù)據(jù)庫的完成分析工作，同時我們致力于藻類數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建，為您的藍藻微生態(tài)分析工作提供有力保障。